Датой основания Минусинского музея считается 6 июня 1877 года - день, когда был утвержден Устав музея. Это первый музей в Сибири и на Дальнем Востоке, имеющий Программу и Устав. Позднее по подобию Минусинского музея создавались музеи в Енисейске, Нерчинске, Иркутске, Якутске и других городах Сибирского региона.
Основатель Минусинского музея — провизор Николай Михайлович Мартьянов. Он окончил курсы фармацевтов при Медико-хирургической академии в Санкт-Петербурге (1866 г.), курсы провизоров при Московском университете (1872 г.). Работал в аптеках в Царском селе, Петербурге, Москве и Казани. До приезда в Сибирь он уже был членом Санкт- Петербургского ботанического сада, Общества естествоиспытателей при Казанском университете.
В Минусинск Мартьянов приехал на три года по приглашению врача Малинина, пожелавшего открыть первую вольную (частную) аптеку. Мартьянов не только открыл аптеку (1874 г.), но и был первым её заведующим.
10 января 1877 года Мартьянов подает заявление в городскую Думу об открытии в Минусинске местного музея. Городской голова Гусев поддержал идею. Программа и Устав музея были утверждены 6 июня 1877 года на заседании Думы, также был утвержден комитет музея, который возглавил городской голова.
30 апреля 1879 года Городская Управа сделала предложение комитету музея — «перенести коллекции в новое помещение — каменный дом, выходящий фасадом на Соборную городскую площадь». В 1885 г. комитет музея и городской голова Лыткин предложили построить специальное здание для музея. 17 мая 1887 года был отслужен молебен и проведена закладка здания для музея. В 1890 году музей расположил коллекции в собственном здании.
Николай Мартьянов являлся членом 16 российских и зарубежных научных обществ, Почетным гражданином Минусинска. В 1904 году после смерти Мартьянова по решению городской Думы музею и улице, где находится музей, присвоено имя Мартьянова.
Сегодня Минусинский региональный краеведческий музей им. Мартьянова является научным центром на юге Сибири. Сотрудники музея ведут исследования по различным темам, касающимся истории и природы региона. Музей успешно сотрудничает с Обществом востоковедов РАН, Институтом археологии РАН, Сибирским отделение РАН, с Евроазиатским отделом Германского археологического института.
Уникальные коллекции музея по народам Южной Сибири, собрание древних бронз, собрание научной библиотеки представляют научный интерес для археологов, историков, этнографов России, Германии, Франции, Финляндии, Японии, Кореи и других стран.
