В Перовском лесничестве парка произошло резкое повышение уровня воды, которое привело к подтоплению не только значительной территории равнинного кластерного участка, но и дачных участков в садоводстве №1. 

С целью точного определения источника, приведшего к драматическим последствиям для природы и местных жителей, на территории парка работают приглашенные руководством «Шушенского бора» и администрацией Шушенского района специалисты-гидрологи из Минусинской гидрологической партии. В их задачи также войдет и разработка технического решения по спасению уже занятых водой участков и предотвращению дальнейшего подтопления бора и поселка. Их исследования продлятся около двух недель, после чего пресс-служба парка опубликует экспертное заключение.

Пока в причинах подтопления отсутствует ясность, некоторые жители поселка Шушенское, понесшие материальный ущерб, выдвигают обвинения в адрес парка, связывая наводнение с деятельностью этой организации. Администрация «Шушенского бора» выступила с ответным заявлением о том, что никаких работ, связанных с мелиорацией земель с целью удержания талых и грунтовых вод в Перовском лесничестве не проводилось, и нужды в подобных мероприятиях не было. Национальный парк — это особо охраняемая природная территория федерального подчинения,  в которой  хозяйственная деятельность человека разрешена исключительно для функционирования парка,  а вмешательство в естественные процессы возможно лишь в исключительных случаях и с одобрения Министерства природных ресурсов и экологии РФ.

В настоящее время в ведомство отправлено ходатайство о создании проекта по устранению данной ситуации в размере восьмисот тысяч рублей. 

Как рассказали в пресс-службе парка, подтопление нанесло «Шушенскому бору» гораздо больший ущерб, чем хозяевам дачных участков. В частности, на сегодняшний день более 200 гектаров лесопокрытой площади находится в зоне затопления, что уже привело к процессу усыхания леса. Застой воды негативно влияет на корневую систему, нарушая газообмен в тканях (в том числе насыщение их кислородом) и способствуя гниению.  

Под водой также оказались и пробные площади с венериными башмачками, которых в зоне затопления произрастало сразу три вида, внесенных в Красные книги России. Нарушены места обитания некоторых норных млекопитающих. Урон понесли не просто отдельные виды, а целые экосистемы.

Кроме того, вода достигла и дендрария «Берендей», где собраны редкие древесно-кустарниковые растения со всего мира. Ущерб от паводка специалисты парка оценивают в десятки миллионов рублей. Поэтому руководство «Шушенского бора» не меньше остальных заинтересовано в мерах по устранению паводка.